Para Heidegger la metafísica es la filosofía misma consistente en un pensar que pretende ir más allá del ente para llegar al Ser, esto es para preguntarse por el ser. La cuestión de la metafísica es la interrogación por el sentido de ser de los entes, la cual brota, dice Heidegger, de una previa comprensión del ser con factum inicial (S. u Z. § 2). El asunto del pensar es pues el ser, pero el ser con respecto a su diferencia con el ente (diferencia ontológica), y no el ser con respecto al ser pensado del ente en el pensamiento absoluto al modo hegeliano. En el terreno de la metafísica, según Heidegger, no hace falta un desarrollo de lo pensado a lo largo de la historia, sino una búsqueda de lo aún no pensado en el pensamiento anterior, de una especie de no-dualidad originaria de carácter cuasi místico. En este sentido puede decirse que
Esta idea heideggeriana de una metafísica no logocéntríca es la que retomará Zubiri para desarrollar su propio concepto de metafísica y su crítica a la metafísica occidental a partir de Platón. Sin embargo, mientras que para Heidegger la metafísica será una historia del ser, de lo originario, o más bien del olvido del ser y de lo originario, para Zubiri la metafísica no tiene como concepto fundamental el ser, por cuanto tal concepto deja de lado el carácter físico de las cosas, sino que el concepto radical es el de realidad. Lo real no es ser, sino que es física sustantividad sistémica. Por ello el ser es siempre ulterior a la realidad en tanto que física. Según Zubiri
El interés zubiriano en resaltar el carácter físico de lo real, del que el ser heideggeriano carece, hace que identifique la metafísica con una física transcendental.
La denominada metafísica escolástica se desarrolla unilateralmente a partir de Platón y Aristóteles devaluando lo sensible, lo empírico, lo material. Ello se debió, según Zubiri, a un falso concepto de inteligencia. El dualismo platónico que dividía lo real en cosmos noetós y cosmos aisthetós dejaba fuera del ámbito del estudio metafísico a este último, concentrándose exclusivamente en el estudio de las formas puras, en lo noético. La metafísica se entendió como "ultrafísica" en términos zubirianos: se ocupaba únicamente de lo transcendente, de lo que está más allá de lo físico, esto es, de lo inteligible. Es la filosofía como contemplación. La metafísica como ultrafísica se queda en lo formal, en lo eidético, en lo racional. Presupone una falsa teoría de la inteligencia y de la verdad en la que lo real se traduce unilateralmente en logos. Ontológicamente esto tiene su consecuencia más importante en la prioridad otorgada a lo formal-eidético en detrimento de lo sensible-material. Esta concepción de la metafísica como ultrafísica que sólo proclama como válido lo ideal, lo universal y lo racional es lo que García Bacca, comentando a Heidegger, -quien también realiza una crítica a la metafísica en tanto que ultrafísica-, ha caracterizado como un "morirse": hacer este tipo de metafísica (ultrafísica) es morirse. Dice Bacca que
Esta ultrafísica que Heidegger denunciaría como ya imposible, Zubiri la criticará denodadamente a lo largo de su obra para proponer un nuevo tipo de saber transcendental: la física transcendental.
Con los medievales la metafísica se entendió como "transfísica", como algo allende lo físico (IL, 128). La metafísica como transfísica separa tajantemente lo transcendental de lo físico y hay que dar un gran salto para acceder de un ámbito a otro.
Con los modernos, y a partir de Kant, se ha trasladado el mismo hecho a una metafísica del conocimiento: se entendió lo transcendental como a priori y concluso, como condición previa de atención a lo físico. Había también una separación entre lo transcendental (a priori) y lo físico (a posteriori), teniendo inteligibilidad e importancia lo primero con vistas a la constitución de la unidad del objeto.
Frente a estas concepciones tan parciales de la metafísica debidas a una incorrecta conceptualización de la inteligencia, Zubiri afirma que tanto lo real como lo transcendental son formalmente físicos. Es más, no son dos cosas diferentes, sino dos momentos de la misma realidad física. La metafísica como estudio de la dimensión transcendental de las cosas es "lo físico mismo como trans", es decir, lo físico en su momento transcendental, pero sin salirnos de lo físico mismo. Es la metafísica como física transcendental que supone una concepción nueva de la inteligencia: la inteligencia que no se sale ni va más allá de lo sensible ("inteligencia sentiente"). Queda claro que para Zubiri, en contra de cualquier tipo de idealismo, "la transcendentalidad es siempre de carácter físico" .
Esta nueva concepción de la metafísica según la presenta Zubiri en el Apéndice 4 de Inteligencia y Realidad, supone una transcendentalidad no a priori y conclusa, sino a posteriori y abierta: una transcendentalidad dinámica (IRE, 131). Esto significa que metafísica no se opone a ciencia física, sino que se fundamenta en ella. La metafísica zubiriana es una metafísica a posteriori, dependiente de la dinamicidad de la marcha científica, y no una metafísica apriorística que pretende medir este mundo físico y dinámico con el canon paradigmático de una ultramundo o transmundo. En este sentido puede decir Aranguren que "la filosofía primera de Zubiri, a cuya exposición dedicó el curso 1952-53, es, según creo, la más 'sobria' y estructural y la menos 'metafísica' de todas las metafísicas conocidas".
Aquí comienzan pues las diferencias de Zubiri con respecto a Heidegger en lo tocante a la concepción de lo que la metafísica sea. Además de ello, Zubiri acusa a Heidegger de no haber escapado totalmente del mismo horizonte subjetivista de la filosofía moderna que en su obra continuamente critica. Zubiri pretende basarse en el carácter físico y biológico de lo real para definir la apertura humana al ser/realidad no como comprensión de sentido, sino como impresión física de realidad. En Zubiri no ocurre pues como en Heidegger que el ser (el sentido) está de algún modo siempre obstruido por el ente (lo físico), sino al contrario, el sentido se fundamentará en lo físico-impresivo. En esta línea señala que
La idea de comprensión con la que Heidegger pretende superar la filosofía de la subjetividad propia de la modernidad en metafísica, aunque no sea de carácter logocéntrico, sigue siendo de índole antropocéntrica. Aunque el hombre ya no sea el señor del ente, sigue siendo el pastor del ser a través del lenguaje. La ontología se torna hermenéutica y eso es lo que Zubiri no puede aceptar.
Habermas, por su parte, en un trabajo titulado "Heidegger: socavación del racionalismo occidental en términos de crítica a la metafísica", contenido en su volumen de 1985 El discurso filosófico de la modernidad, llega a una conclusión similar a la de Zubiri que consiste en señalar que la impronta de la Fenomenología no le permite a Heidegger escapar del fundamentalismo de la filosofía de la subjetividad que pretende superar. Hay, según Habermas, al menos tres desafortunadas consecuencias de esto:
1/ que Heidegger intenta sublimar la teoría del conocimiento desplazándola al ámbito de la ontología para al final dar con un Ser que se sustrae al ente, esto es, un ser abstracto y teórico; un ser al fin y al cabo cuasi-trascendente.
2/ que su crítica a la modernidad se efectúa independientemente de todo conocimiento y análisis científico, minusvalorando lo que de verdad pudiera haber en dicho conocimiento.
3/ que los destinos del Ser de los que Heidegger habla escapan a la postre a toda comprensión, y en tanto que el hombre es vecino del ser, parece esto sugerir una ciega obediencia a los caprichos de tal destino.
Planteado el ser como sentido de los entes y dado que el sentido sólo se da en el Dasein, que es el pastor del ser, Heidegger se quedaría estancado en la filosofía de la subjetividad, aunque ahora desde una ontología fundamental consistente en un análisis ontológico del Dasein. A este respecto señala certeramente Habermas que
como el Ser del ente permanece internamente referido a la comprensión del Ser, como el Ser sólo se hace valer en el horizonte del Dasein humano, la ontología fundamental no significa una recaída por detrás de la filosofía transcendental, sino incluso una radicalización de ésta. (...) El lugar de la relación del sujeto cognoscente consigo mismo, es decir, el lugar de la autoconciencia, lo ocupa la interpretación de una comprensión preontológica del Ser y con ello la explicación de los plexos de sentido en que la existencia cotidiana se encuentra ya siempre.
